A organização esteve presente e colaborou com a organização das Consultas Latinoamericanas para Defensoras e Defensores de Direitos Humanos em 2001, 2002 e 2004. Também desempenhou um papel importante na criação do Comitê Brasileiro de Defensoras e Defensores de Direitos Humanos, em 2004, que se tornou a principal articulação nacional de movimentos sociais e organizações da sociedade civil envolvidas com questões relacionadas aos/às defensoras/es (DDHs). Teve ainda uma contribuição significativa na concepção e implementação do atual Programa de Proteção aos Defensores de Direitos Humanos, Comunicadores e Ambientalistas (PPDDH), tendo integrado sua coordenação nacional de 2005 a 2016.
Em 2024, a organização foi uma das eleitas para compor o Conselho Deliberativo (Condel) do Programa de Proteção a Defensores de Direitos Humanos, Comunicadores e Ambientalistas (PPDDH), para o biênio 2024-2025. A Justiça Global também compõe o Grupo de Trabalho Salles Pimenta (coordenado pelo Ministério dos Direitos Humanos e Cidadania), responsável pela elaboração do Plano Nacional de Proteção aos Defensores de Direitos Humanos, Comunicadores e Ambientalistas e acompanha desde 2016 o tema junto ao Conselho Nacional de Direitos Humanos (CNDH), integrando desde sua Comissão Permanente de Defensores de Direitos Humanos e Enfrentamento à Criminalização dos Movimentos Sociais.